Het digitale Isabel-certificaat wordt aan een gebruiker van Isabel 6 verleend zodra deze een aantal formaliteiten heeft vervuld: de klant dient de certificatieprocedure te doorlopen om een persoonlijk paswoord aan zijn Isabel SmartCard te koppelen. Pas dan heeft de digitale handtekening evenveel juridische waarde als een handgeschreven handtekening. De digitale handtekening van Isabel 6 bewijst de authenticiteit van de verzender en garandeert de integriteit van de inhoud van de boodschappen die via Isabel 6 worden uitgewisseld.